Es gibt mehrere Theorien:

1. Bei jeder Menstruation kommen Gebärmutterschleimhautzellen durch die Eileiter in den Bauchraum. Diese werden dort normalerweise resorbiert. Bei Frauen mit Endometriose sind diese Zellen verändert , bilden Antikörper und Entzündungen. Diese Theorie ist aber nicht eindeutig geklärt und bewiesen.

2. Zellen des Bauchfell, dass das Becken auskleidet und die Organe im Bauchraum schützt, hat die Fähigkeit sich in Endometrium umzuwandeln.